財政部進一步說明，為配合內政部加速老舊房屋辦理都市更新，減輕土地所有權人及實施者租稅負擔，該部爰依內政部意見，重新發布解釋令，並廢止99年函釋，其重點摘述如下：
一、 營業人依都市更新條例規定以權利變換方式提供資金、技術或人力參與或實施都市更新事業，於實施完成後，自更新單元內重建區段之土地所有權人分配取得更新後建築物及土地之應有部分，應以經主管機關核定後權利價值為其銷售額，依財政部75年10月1日台財稅第7550122號函及84年1月14日台財稅第841601114號函有關合建分屋方式辦理。
二、 權利變換範圍內之土地所有權人依都市更新條例第30條第1項規定，以權利變換後應分配之土地及建築物折價抵付共同負擔部分，尚非銷售土地及建築物行為，無營業稅課徵問題。
三、 土地所有權人或權利變換關係人為營業人者，依都市更新條例第39條第1項或第2項規定，取得參與權利變換之權利、土地、建築物或現金為代價，為銷售貨物或勞務行為，應依法徵免營業稅；土地所有權人或權利變換關係人為個人者，其銷售參與權利變換之建築物，應依財政部106年6月7日台財稅字第10604591190號令有關個人銷售房屋規定徵免營業稅。
四、 土地及合法建築物所有權人自行組織更新團體實施都市更新事業，於都市更新事業計畫實施完成後，按所有權人獲配比例分配更新後房地之應有部分或現金，參照財政部76年8月7日台財稅第760071994號函規定，得免辦稅籍登記及免課徵營業稅。
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