財政部臺北國稅局表示，自辦理104年度營利事業所得稅結（決、清）算申報起，非小規模之獨資、合夥組織營利事業應以全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算應納之營利事業所得稅額，於申報前自行繳納；並以其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，列為獨資資本主或合夥組織合夥人綜合所得稅營利所得，申報繳納個人綜合所得稅。
該局說明，98年度至103年度獨資、合夥組織結(決、清)算申報，無須計算及繳納應納之稅額，由獨資資本主或合夥人列入營利所得併入綜合所得稅課徵。為配合財政健全方案的施行，自104年度起，我國兩稅合一制度由完全設算扣抵制，修正為部分設算扣抵制，因此獨資、合夥組織營利事業所得稅結(決、清)算之申報繳稅制度改變，於辦理所得稅結（決、清）算申報時需先繳納半數稅額。至獨資、合夥組織為小規模營利事業者，維持現制，除課徵綜合所得稅外，無須辦理營利事業所得稅結算申報。
該局舉例，甲獨資商號104年度營利事業所得稅結算申報課稅所得額200萬元，全年度應納稅額34萬元（200萬元×稅率17%），當年度有尚未抵繳之扣繳稅額1萬元，申報前應繳納營利事業所得稅16萬元（34萬元×50%-1萬元）；而該商號全年所得額減除應納稅額半數後餘額183萬元（200萬元-17萬元），為獨資資本主的營利所得，於申報104年度綜合所得稅，一併申報納稅。
該局提醒，非屬小規模獨資、合夥組織營利事業於105年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報應適用新規定，以免遭補稅並加計利息或滯納金，影響自身權益。
（聯絡人：松山分局鄧審核員，電話2718-3606分機301）
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