1.資本額的設計：
目前不論行號或者公司都無資本額限制。設立行號資本超過25萬時需提供存款證明，公司設立時皆須請金融單位開立存款餘額證明。不論公司或行號，資本額設立的多寡到時不會影響的課稅的問題。
2.課稅問題：
行號屬於月營業額二十萬元以下可以申請免開統一發票（但稅捐稽徵單位不一定同意），行號若屬於核定課稅（免開統一發票者），不論經營盈餘或虧損，每三個月要繳交營業稅三千到五千元不等，年終須繳交約一萬多元之營利事業所得稅。開立發票之行號或公司若虧損時，則不必繳交營利事業所得稅，但兩個月之營業額須依據發票上繳稅捐稽徵單位百分之五之營業稅。所以開立發票並不一定比核定課稅要繳更多的稅。
3.營業風險：
行號之負責人或合夥人對於行號經營上的風險負完全責任，也就是行號經營上所產生的債務行號之負責人或合夥人要負完全責任。公司之負責人（董事長或董事）對外必須與公司負連帶責任，特別是公司開立票據時（一般公司申請支票，銀行會要求蓋公司與負責人之大小章），若跳票時，將會影響到負責人的債信。而公司之其他股東則僅就出資額部份負擔營運風險，若公司經營負債時也不會牽連到個人的財產。所以對於單純投資的股東，設立公司比行號更有保障。
4.營運發展：
公司名稱之保護則屬於全國性，到全國各地開分公司只要到營業地主管縣市申請營利事業登記即可，若不申請營利事業登記則用營業處或辦事處的名義即可營業。 對於事業的擴展而言成立公司遠比行號好，特別是有加盟特性的行業。
5.投資風險：
公司設立時法律規定必須訂定公司章程（明定股權、經營者、利潤分配等）對於股東較有保障；然而合夥之行號在台灣很少人會訂定合夥契約書，如此發生爭議時對於無經營權之合夥股東較沒有保障。只要是合資的生意最好都訂定合資契約書。
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