(一)、加班費之計算及免稅規定
加班費免納所得稅可分三點來說明：
(1)、機關團體員工，依政府規定標準支領的加班費，免納所得稅。
(2)、公私營事業員工，依勞動基準法第24條及第32條規定限度內領取的加班費，免納所得稅；另該法規定，雇主延長勞工之工作時間連同正常工作時間，一日不得超過12小時，且延長之工作時間，每月不得超過46小時。
(3)、機關、團體、公私營事業員工為雇主的目的，在國定假日、例假日、特別休假日的加班費，金額如果符合前述規定標準範圍以內，免納所得稅，加班時數可以不計入「每月平日延長之工作總時數」內計算。
舉例說明：甲公司員工一個月正常工作日，每日連同正常工作時間不超過12小時之累計加班時數為49小時，依上揭規定其中46小時之加班費可以免納所得稅，超過（46小時）的3小時加班費則要併入薪資所得課稅，如果在國定假日又加班8小時，只要所領的加班費符合勞動基準法規定標準範圍內，其8小時的加班費亦免納所得稅。
◎勞動基準法第24條（延長工作時間時工資加給之計算方法）
雇主延長勞工工作時間者，其延長工作時間之工資依左列標準加給之：
(1) 延長工作時間在二小時以內者，按平日每小時工資額加給三分之一以上。(1.33倍計算)
(2) 再延長工作時間在二小時以內者，按平日每小時工資額加給三分之二以上。(1.66倍計算)
(3) 依第三十二條第三項規定，延長工作時間者，按平日每小時工資額加倍發給之。(2倍計算)
◎勞動基準法第32條（91.12.25.修正）（雇主延長工作時間之限制及程序）
雇主有使勞工在正常工作時間以外工作之必要者，雇主經工會同意，如事業單位無工會者，經勞資會議同意後，得將工作時間延長之。
前項雇主延長勞工之工作時間連同正常工作時間，一日不得超過十二小時。延長之工作時間，一個月不得超過四十六小時。
因天災、事變或突發事件，雇主有使勞工在正常工作時間以外工作之必要者，得將工作時間延長之。但應於延長開始後二十四小時內通知工會；無工會組織者，應報當地主管機關備查。延長之工作時間，雇主應於事後補給勞工以適當之休息。
在坑內工作之勞工，其工作時間不得延長。但以監視為主之工作，或有前項所定之情形者，不在此限。
(二)、按月定額給付的加班費為應稅
但有一種情況，即使員工每月加班時數在46小時以內仍應稅，就是如果員工不論有沒有加班，或者是不論加班時數多少，卻都領固定時數所計算出來的加班費，在稅法上則視為變相的津貼，此時在稅法上這就不符加班費的定義，而是算薪資的津貼，屬於應稅範圍。
(三)、稅法上加班費的查核證據
(1) 加班費計算明細。
(2) 加班記錄：諸如出勤卡、時間報告書、加班申請單。加班記錄最好是有員工加班申請及主管簽核的記錄以及加班起迄時間、加班事由(大部份公司加班記錄常常漏了這個)…等詳盡說明。
(3) 加班費付款資金流程。
加班費在公司費用中算是較大額的支出，所以也是國稅局審查人員最常查核的費用之一，公司會計或人事應注意加班費在稅法、勞基法的種種規定，依法行事並保留查核證據，以維護公司的權益。
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