營利事業接受政府之獎助津貼或補助款，應於辦理營利事業所得稅結算申報時列報該項收入，以免短漏報受罰。 依所得稅法第24條第1項規定，營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。
由於所得稅法對於營利事業取得之政府補助款，無免稅規定，所以，營利事業取得政府之獎助津貼或補助款者，原則上應全數列為取得當年度之其他收入課稅，
不過，營利事業如果是接受政府購建折舊性固定資產或增置擴充設備之專案計畫補助獎勵者，其所取得的補助款則可按所購建固定資產或增置擴充設備計提折舊之耐用年數，分年平均認列收入，計算營利事業所得額課稅；至所購建之固定資產或增置擴充之設備，應依規定提列折舊，以費用列支。
南區國稅局日前查核某公司95年度營利事業所得稅案件時，發現該公司95年度取得政府核發研究補助款500餘萬元，惟其漏未申報，該公司雖表示誤以為政府補助款屬免稅收入，但仍被補稅125餘萬元，還被裁處罰鍰100餘萬元。
該局特別提醒，營利事業如於申報後發現有短漏報收入，在未經檢舉或稽徵機關進行調查前，自動補報及補繳所漏稅款者，得依稅捐稽徵法第48條之1規定免予處罰。
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