財政部表示，中小企業發展條例第36條之2第1項至第3項，有關增僱本國籍員工與調高本國籍基層員工薪資之薪資費用加成減除，及產業創新條例第12條之1第1項規定智慧財產權研究發展支出加倍減除之規定，屬減免營利事業所得額之租稅優惠，依所得基本稅額條例第7條第1項第10款規定，應計入營利事業之基本所得額。
財政部進一步說明，配合中小企業發展條例第36條之2第1項增僱員工薪資費用加成減除措施，行政院業於104年2月6日訂定發布「中小企業增僱員工薪資費用加成減除辦法」，以利納稅義務人遵循，該項額外加計30%減除金額自104年度起計入營利事業之基本所得額；至同條第2項及第3項有關增僱24歲以下員工薪資費用額外加計50%減除與加薪費用額外加計30%減除金額，及產業創新條例第12條之1第1項有關智慧財產權收益範圍內之研究發展支出加倍減除之金額，則配合適用法令施行日期，自105年度起計入營利事業之基本所得額。
財政部再次提醒，營利事業於105年辦理104年度營利事業所得稅結算申報時，應將上述增僱員工薪資費用加成減除金額，計入營利事業之基本所得額；並於106年辦理105年度營利事業所得稅結算申報時，將增僱24歲以下員工與加薪費用加成減除金額，及智慧財產權收益範圍內研究發展支出加倍減除之金額，計入營利事業之基本所得額。
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