財政部臺北國稅局表示，跨國投資日趨頻繁，總機構在中華民國境內之營利事業，如有申報扣抵依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅，扣抵之數，應不得超過因加計其國外所得而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。 該局說明，依所得稅法第3條第2項規定，營利事業之總機構，在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得由納稅義務人提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其全部營利事業所得結算應納稅額中扣抵。惟扣抵之數，不得超過因加計其國外所得而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。而前揭國外所得係指收入減除成本及其損費後之淨額為所得額。
該局指出，於查核轄內A營利事業103年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司列報境外所得可扣抵稅額，係依其境外收入計算可扣抵限額，並未減除相關成本費用，經該局依前開規定重新核算該公司申報境外所得可扣抵稅額之限額，超過部分否准扣抵應納稅額，爰予以補徵並加計利息。
該局提醒，營利事業如有申報扣抵依境外所得來源國稅法規定繳納之所得稅，應注意可扣抵稅額之限額計算，其收入是否已減除相關成本及損費，以免申報錯誤，除補稅外，還可能因此需多負擔加計之利息。
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