財政部臺北國稅局表示，總機構在中華民國境內營利事業取自境外之所得，該所得如係依租稅協定屬他方締約國免予課稅之所得（如：營業利潤），或為適用上限稅率之所得（如：股利、利息及權利金收入），營利事業因未適用租稅協定相關規定而溢繳之國外稅額，不得自當年度營利事業所得稅結算申報之應納稅額中扣除。
該局說明，依所得稅法第3條第2項規定：「營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。但其來自中華民國境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，……，自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。」復依適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，依所得稅協定規定屬於他方締約國免予課稅之所得或訂有上限稅率之所得，不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額。準此，該不得申報扣抵其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額，營利事業應向所得稅來源國申請適用租稅協定退還其溢繳之國外稅額，方屬正確。
該局舉例說明，甲公司104年度營所稅申報授權德國子公司使用而收取之權利金500萬元及境外扣繳稅額100萬元（500萬元×20%扣繳稅率）。惟依據我國與德國簽署之租稅協定規定，該權利金之上限稅率為10%，是甲公司104年度收取權利金應扣繳稅額為50萬元，其因未適用所得稅協定而溢繳之國外稅額50萬元（已扣繳稅額100萬元-應扣繳稅額50萬元）不得申報扣抵104年度營所稅應納稅額；另依所得稅法第3條第2項後段規定，國外已納稅額自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額，經該局重新計算核定補徵稅額35萬元（權利金500萬元×17%-適用租稅協定應扣繳稅額50萬元）。
該局進一步說明， 跨國交易日趨頻繁，截至106年8月31日，我國已與日本等32個國家簽署全面性租稅協定，營利事業申報境外所得時，應注意該所得是否取自與我國簽署租稅協定國家，可事先向所轄稽徵機關申請居住者證明，憑以向他方締約國申請依租稅協定規定適用免稅或上限稅率，以免於所得來源國溢繳稅款，而需另案申請退還溢繳稅款。有關我國簽訂租稅協定之國家、各租稅協定之內容及下載居住者證明申請書，請至該局網站（https://www.ntbt.gov.tw/分稅導覽/營所稅/主題專區/租稅協定）或財政部網站（http://www.mof.gov.tw/服務園地/國際財政服務資訊/租稅協定）查詢。
（聯絡人：審查一科林股長；電話2311-3711分機1308）
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