南區國稅局表示，依營利事業所得稅查核準則第101條規定，營利事業列報商品盤損之科目，須對於存貨採永續盤存制或經核准採零售價法者，始能適用之，且應於事實發生後30日內檢具清單報請所轄稽徵機關調查，或經會計師盤點並提出查核簽證報告，經查明屬實者，才能認列商品盤損；但若依商品之性質可能發生自然損耗或滅失情事，無法提出證明文件者，如營利事業會計制度健全，經實地盤點結果，其商品盤損率在1%以下者，得予認定商品盤損。
該局舉例說明，甲公司101年度營利事業所得稅結算申報，列報商品盤損722萬餘元，經調帳查核發現其帳載存貨記錄係採實地盤存制，非其申報所稱永續盤存制，且未於事實發生後30日內檢具清單報請國稅局調查或請會計師盤點提出查核簽證報告，又甲公司係經營鋼鐵買賣，依商品之性質不可能發生自然損耗或滅失情事，因甲公司列報商品盤損未符合營利事業所得稅查核準則第101條規定，經國稅局否准認列，並補稅122萬餘元。甲公司不服，主張其設有存貨簿對貨品每次之購進、出售及結存均有記載，並於期末由員工盤點存貨紀錄產生商品盤損，又經營商品為棒鋼、條鋼、鋼料等，依商品性質縱不可能發生自然損耗、變質，惟並非不可能滅失、磅秤誤差之情形，國稅局否准存貨盤損，顯有認定事實及適用法令錯誤。本案提起行政救濟，經最高行政法院裁定駁回確定。
行政法院判決指出，甲公司僅檢附其員工自行盤點存貨之紀錄，而未於損失發生後30日內檢具清單報請該局調查，亦無經會計師盤點之查核簽證報告，且經查核甲公司所提示進銷貨交易相關傳票，甲公司進貨時借記「進貨」，貸記「應付帳款」或「現金」，銷貨時其成本不記帳，與永續盤存制之帳務處理原則不符，又其買賣商品為條鋼及鋼料等，依商品之化學或物理特性，其性質非經一段期間，而有「發生自然」損耗、變質或滅失之可能情事，與營利事業所得稅查核準則第101條規定不符。
該局提醒營利事業，列報商品盤損時，要特別注意應符合營利事業所得稅查核準則第101條規定之條件，以免因不符合而遭補稅，影響自身權益。
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