依營利事業所得稅查核準則第74條及財政部95年1月10日台財稅字第09404139500號函釋規定，有關營利事業使用高速公路電子收費系統繳交通行費、通知補繳作業處理費，除應有經手人或出差人證明外，尚應檢附下列各項憑證：
(一)預先儲值「通行費」：
營利事業無論採取何種方式使用高速公路電子收費，於繳納加值費用時，應取得「代收收據」，若屬於利用銀行帳戶及信用卡自動轉帳儲值者，得以銀行寄發之銀行帳戶或信用卡對帳單作為繳款憑證，繳納加值費用對於營利事業而言係屬預付性質，至於往後為營利事業業務之需要通行高速公路電子收費車道，應取具遠通公司對於營利事業用戶定期掣發「扣款紀錄」或由營利事業至遠通公司網站下載「預儲帳戶明細查詢表」，作為列報「通行費」之憑證。
(二)營利事業補繳「通行費」、「通知補繳作業處理費」：
１、營利事業補繳「通行費」，若至遠通公司直營門市或指定通路商現金繳費者，應取具「代收收據」，若採銀行帳戶扣款或刷卡繳費，得以銀行寄發之銀行帳戶或信用卡對帳單作為繳款憑證，惟補繳「通行費」對於營利事業而言係屬清償應付費用性質。
２、營利事業繳納「通知補繳作業處理費」，遠通公司應依據加值型及非加值型營業稅法第32條規定開立統一發票，故營利事業應取具統一發票，以憑核認。
常見Q&A
Q1.
該公司之直營門市或指定通路商銷售IC儲值卡，或IC儲值卡持有人於該公司之直營門市或指定通路商加值時，該公司之直營門市或指定通路商應給予IC儲值卡購買人或持有人何種憑證。（IC儲值卡扣繳通行費）
Ans.
○○公司直營門市或指定通路商銷售儲值卡或受理加值，開立代收收據予IC儲值卡購買人或持有人。
Q2.
用路人補繳通行費時，該公司之直營門市或指定通路商應給予用路人何種憑證。
Ans.
用路人刷卡繳費者，得以銀行寄發之信用卡扣款對帳單作為其繳款憑證，○○公司直營門市或指定通路商受理用路人以現金繳費者，開立代收收據。
Q3.
指定通路商應將代收高速公路通行費撥付該公司時，該公司應給予指定通路商何種憑證。
Ans.
指定通路商撥付與○○公司之通行費，如採直接匯入對方在金融機構開立之帳戶，依本部79年12月6日台財稅第790387791號函規定，准以經金融機構簽章證明之匯款申請書回條聯或銀行送金單作為入帳憑證。因此，○○公司毋須再開立憑證與指定通路商。
Q4.
用路人為企業車主或個人車主，行經高速公路電子收費車道，該公司應給予何種單據作為實際使用及繳付高速公路通行費之憑證。
Ans.
以經手人或出差人證明，作為支付通行費憑證。
Q5.
用路人為企業客戶（指擁有特定車輛數以上之法人客戶），行經高速公路電子收費車道，該公司應給予企業客戶何種單據以作為用路人實際使用及繳付高速公路通行費之憑證。
Ans
以該公司寄送之通行紀錄報表作為支付通行費憑證。
Q6.
ＩＣ儲值卡用於其他消費時，該公司撥付款項予其他實際銷售貨物或勞務單位是否須取具統一發票。
Ans.
○○公司撥付款項予其他實際銷售貨物或勞務單位無須取具統一發票。惟收取手續費、處理費，應開立統一發票予特約機構或營業人。
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