財政部表示，農民「自力耕作、漁、牧、林」之情形與經營事業不同，尚無課徵營利事業所得稅問題。為釐清「農民自力經營」與「營利事業」之認定爭議，該部爰配合行政院農業委員會(以下簡稱農委會)研商相關認定標準。
財政部說明，依所得稅法第14條第1項第6類規定，個人自力耕作、漁、牧、林、礦之所得，以全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額，併計個人之綜合所得總額，課徵綜合所得稅。自78年迄今，農民自力經營者，其成本費用標準從寬認定為收入之100%。又依所得稅法第11條第2項規定，公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦冶等營利事業，應依同法第21條第1項規定，保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄，其銷售農產品之收入並應依同法第24條第1項規定，於減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，課徵營利事業所得稅。
財政部進一步說明，政府為提升農業競爭力，積極輔導農民擴大經營規模，如小地主大專業農政策，但亦衍生少數農民因投資設備、擴大規模，導致被認定為「營利事業」之爭議。該部為配合農委會協助農民，避免影響農民擴大經營規模意願，爰於3月4日二部會進行會商並交換意見，就農業產業政策、現行課稅實務進行溝通瞭解，探討如何在維持現行賦稅規定之前提下，共同研議較明確之「自力耕作、漁、牧、林」與「營利事業」之認定標準。本次會議決議，對於認定標準應考量產業政策需求及課徵實務，以及我國加入TPP擴大農業經營規模之政策發展方向，雙方將持續蒐集各產業經營型態、規模分布，並瞭解業界意見，以訂定可供徵納依循之標準，兼顧提升農業競爭力與賦稅公平性。
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