財政部臺北國稅局表示，企業併購法第43條（104年7月8日修訂前第38條）第1項明定，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前10年各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司之股權比例計算虧損扣除額，自虧損發生年度起10年內自當年度純益額中扣除。
該局指出，母公司與其100%轉投資之子公司合併，若子公司存續，母公司消滅，依照企業併購法規定，可按股權比例扣除消滅公司合併前部分之核定虧損；反之，如母公司將其100%轉投資之子公司（消滅公司）予以吸收合併，因消滅公司股東未取得存續公司股權，則無法扣除消滅公司合併前之核定虧損。
該局舉例說明，甲公司102年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額1,800萬元，經查甲公司為乙公司100%持股之母公司，與乙公司合併後存續，因消滅之乙公司股東持有甲存續公司之股權為0，乙公司合併前5年經核定虧損數18,000,000元，依行為時企業併購法第38條規定，全部不得由存續公司扣除，爰核定前10年虧損本年度扣除額為0元。
該局說明，公司法第75條雖規定因合併而消滅之公司，其權利義務，應由合併後存續或另立之公司承受，然消滅公司合併前享有盈虧互抵之情況已隨消滅公司人格消滅而不存在，並非屬消滅公司當然之權利而可逕由存續公司營利事業所得稅結算申報扣抵。子公司經合併而消滅，其股東並未因合併取得合併後存續公司股權，則其合併前尚未扣除之核定虧損，自無於合併後存續公司當年度純益額扣除之適用。該局呼籲營利事業列報是類虧損扣除額應注意符合相關法規，俾免因錯列而遭致補稅。
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